La Direction du CHIS relève de la responsabilité du Directeur général, qui détermine et met en œuvre les structures organisationnelles pertinentes. Le Règlement du CHIS défini trois fonctions de gouvernance :

Le Conseiller Stratégique du Directeur Général, qui est nommé par le Directeur Général, l’aide à élaborer la stratégie à moyen et long terme en matière d’assurance maladie.

Le CHIS Board crée en 1992 est un sous-groupe du Comité de concertation permanent (CCP). Il est responsable devant le CCP de la supervision générale du Régime, afin de veiller à la réalisation de ses objectifs, y compris son équilibre financier à long terme, dans l’intérêt des Membres du CHIS et de l’Organisation (voir le Règlement du CHIS). Cet organe paritaire regroupe des représentants de la Direction, et des Membres du régime, actifs ou retraités, nommés par l’Association du personnel.

Son mandat comprend, entre autre de :

• proposer des mesures pour maîtriser les coûts et adapter les niveaux des prestations et des cotisations;
• élaborer des propositions pour ajuster la politique du CHIS en fonction de l’évolution générale des besoins du Régime et des ressources disponibles.

Le CHIS Board n'est pas compétent pour traiter des cas individuels.

L’Administrateur du CHIS est nommé par le Directeur général. Son mandat comprend notamment le suivi et la supervision de l’exécution du contrat liant l’organisation au Tiers-administrateur. Il assure le fonctionnement régulier du CHIS.

Le Directeur général mandate un Tiers-administrateur (TPA) pour l’administration quotidienne du CHIS. Le TPA actuel est la compagnie d'assurance UNIQA GlobalCare SA Switzerland.